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生物學家和計算機科學家如何有效合作?
發(fā)布時間:2022-05-21 21:23:00


圓桌討論的想法
在過去五年中,生物學家已經(jīng)獲得了以低成本生成更大數(shù)據(jù)集的能力,因此開始更頻繁地與數(shù)學家、統(tǒng)計學家和生物信息學家合作,以確定存儲、分析和解釋這些數(shù)據(jù)的最佳方法。作為一名訓練有素的生物數(shù)學家,我已經(jīng)學會了如何在自己的研究中整合計算和實驗技術,因此與實驗家和計算科學家合作對我來說很自然,而且我經(jīng)常發(fā)現(xiàn)自己將我的統(tǒng)計專業(yè)知識借給了我的同事。然而,我經(jīng)常想知道純實驗主義者與計算科學家接觸和合作是多么容易,反之亦然。實驗者經(jīng)常以相對簡單的任務接近生物信息學家。作為計算科學家,我們?nèi)绾尾拍?br /> 第一步可能是嘗試將實驗科學家和計算科學家放在可以交流、學習和形成合作的同一空間中。最近的一個例子發(fā)生在愛荷華州立大學,在那里我參加了一個題為“通過計算表型發(fā)現(xiàn)新候選基因”的小型研討會。


ISU 總統(tǒng)跨學科研究種子 (PIRS) 授予了遺傳學、發(fā)育和細胞生物學系的 Diane Bassham 博士、Carolyn Lawrence-Dill 博士和 Drena Dobbs 博士以及 Dr. . 來自動物科學系的 Matthew Ellinwood。該研討會被宣傳為一個跨學科活動,鼓勵實驗和計算科學家參加,其想法是在他們之間開始新的對話并建立新的合作。甚至研討會的圖像也鼓勵跨學科,比較小鼠神經(jīng)元和植物毛狀體之間結構的相似性。
我們認為“簡單”或“容易”的概念,例如何時使用非參數(shù)檢驗或 p 值的含義,可能并不容易被實驗者理解
我發(fā)現(xiàn)研討會上長達兩個小時的親和小組討論特別有意義。對于這些討論,我們被鼓勵在會議期間提出主題,隨后組織者選擇了四個主題進行圓桌討論。其中兩個主題側(cè)重于改進生物信息學教育和增加跨學科交流。


討論跨學科合作的與會者提出了挑戰(zhàn),既要開始此類合作,又要弄清楚如何更好地促進它們。例如,有時由于“語言障礙”,跨學科合作永遠不會起步。任何一方的人都用對方無法理解的過于專業(yè)的術語說話。作為計算生物學家,重要的是我們要理解我們認為“簡單”或“容易”的概念,例如何時使用非參數(shù)檢驗或 p 值的含義,可能并不容易被實驗者理解. 另一方面,實驗者應該記住,許多數(shù)學家和計算機科學家可能甚至沒有上過普通的本科生物課。
作為一個團隊,我們還一致認為,要使合作取得成功,重要的是要花費額外的時間和精力來確保每個人都理解基本概念,然后再繼續(xù)解決復雜的問題。除此之外,雙方的人都需要在缺乏知識的情況下保持安全,并且不要害怕提出對其他人來說似乎很明顯的“愚蠢問題”。


最后,我們一致認為協(xié)作應該是自然而直觀的,而不是強迫的。這個親和力小組提出的建議得到了許多關于成功合作科學的工作的支持,例如 PLOS 計算生物學的“十個簡單規(guī)則”系列中的條目(發(fā)表于2007 年、2015年和2017 年),以及來自 2017 年的一項研究合作工作研究所的“理解合作心理學”都總結了有效合作的趨勢。
我個人同意這些關于促進跨學科合作的建議,但我也認為通過教育年輕學生如何成為跨學科科學家,可以更早地解決合作中的困難。
我很幸運有機會在我的本科院校里士滿大學學習跨學科科學,作為其綜合包容性科學計劃的第一批成員。該計劃的教師后來發(fā)表了他們的發(fā)現(xiàn),即與未參加該課程的學生相比,該跨學科計劃的學生更有可能參加額外的數(shù)學、物理和計算機科學課程。其他教育機構,如北卡羅來納州立大學、斯坦福大學、三一學院、卡內(nèi)基梅隆大學等,也在追隨這一趨勢,并在本科和研究生階段提供自己的綜合科學課程。


在愛荷華州的親和小組討論中,我們還得出結論,與其嘗試設計一個全新的專業(yè)或課程,不如提供跨學科科學的小型模塊化課程對于已經(jīng)被大量課程淹沒的本科生和研究生更有效——加載。以我自己的經(jīng)驗,我作為本科生修讀的綜合包容性科學輔修課程占用了其他專業(yè)課程太多的時間,學生們覺得他們必須在專注于他們的專業(yè)和參與該項目之間做出選擇。
在研討會上,我們的參與者還設想這些模塊化課程應該由生物學家和統(tǒng)計學家共同教授,涵蓋諸如生物統(tǒng)計學、非參數(shù)和非線性統(tǒng)計學、信息論、機器學習、基礎數(shù)學建模和基礎編程。這些模塊也應該面向一年級和二年級學生,而不僅僅是已經(jīng)宣布專業(yè)的學生,因為我們認為這些跨學科主題的教育應該在職業(yè)生涯的早期開始。最后,我們認為,雖然可以提供有關這些主題的課程的資源,但我們發(fā)現(xiàn)它們對學生來說是無法獲得的(即廣告宣傳不佳或在付費墻后面)或課程本身缺乏(即課程假定一定程度的背景知識,并非所有學生都有)。


總之,我認為更多的研討會和會議應該包含專注于跨學科教育和合作的討論組,以便我們能夠繼續(xù)獲得反饋、改進現(xiàn)有項目并開發(fā)新的解決方案。
根據(jù)我的個人經(jīng)驗,以及我在 2019 年 PIRS 小型研討會上從其他人那里聽到的信息,我強烈鼓勵對跨學科主題感興趣的年輕科學家現(xiàn)在就開始學習。參加暑期編程課程或參加專業(yè)以外的課程只是因為它聽起來很有趣,而不是因為它是必需的。我也鼓勵那些跨學科合作的科學家開始更多的對話。我們應該向我們的合作者介紹我們更廣泛的專業(yè)網(wǎng)絡,并幫助我們的科學家同行找到新的合作。
通過更好的教育和網(wǎng)絡,我們可以改善所有科學家的資源,以便隨著技術的不斷發(fā)展、數(shù)據(jù)集的不斷擴大以及生物學問題變得越來越復雜,我們可以提供迫切需要的跨學科解決方案。

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